Kościół św. Jana, pochodzący z XIV w., jest jednym z ostatnich zabytków Gdańska, który nie został odbudowany po II wojnie światowej. Na skutek błędnych decyzji dotyczących wykorzystania tego miejsca, obiekt przez kilkadziesiąt lat niszczał. W 1991 roku Skarb Państwa przekazał kościół Archidiecezji Gdańskiej Kościoła Rzymskokatolickiego, a od 1995 roku, na mocy Umowy ograniczonego prawa rzeczowego użytkowania, Nadbałtyckie Centrum Kultury w Gdańsku pełni funkcję gospodarza obiektu oraz zarządza jego odbudową, w celu stworzenia w tym miejscu profesjonalnego centrum kultury.
Nadbałtyckie Centrum Kultury udostępniło kościół artystom i publiczności. Odbyło się tutaj wiele ważnych wydarzeń kulturalnych. Dzięki ogromnemu wysiłkowi Nadbałtyckiego Centrum Kultury, jak i innych instytucji i organizacji Pomorza, kościół stał się rozpoznawalny na kulturalnej mapie regionu, kraju i Europy. W niepowtarzalnej atmosferze wnętrza kościoła św. Jana odbyły się liczne koncerty, pokazy, przedstawienia i wystawy.
W 2009 roku projekt "Rewaloryzacja i adaptacja kościoła św. Jana w Gdańsku na Centrum św. Jana - etap I" uzyskał dofinansowanie w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego dla Województwa Pomorskiego na lata 2007 - 2013. Zakończenie realizacji I etapu projektu planowane jest w październiku 2012 r. Region pomorski wzbogaci się wówczas o niezwykłe miejsce, atrakcyjne zarówno dla turystów, jak i odbiorców działań kulturalnych. Kościół jest również siedzibą Duszpasterstwa Środowisk Twórczych. Co niedzielę o godzinie 12.00 odbywają się tu msze, gromadzące ludzi kultury i sztuki.
24 czerwca 2011 roku odbyło się pierwsze wydarzenia z cyklu Otwarcie Centrum św. Jana, podczas którego wystąpiła Basia Trzetrzelewska. Centrum św. Jana zachwyca akustyką oraz wieloma możliwościami aranżacji różnych wydarzeń. Ale przede wszystkim magią tego niezwykłego miejsca, gdzie sacrum i profanum przenika się i współistnieje.
