Głównym celem działalności Granicznej Stacji Sanitarno - Epidemiologicznej jest nadzór nad bezpieczeństwem żywności oraz materiałów i wyrobów przeznaczonych do kontaktu z żywnością pochodzących z krajów trzecich przed ich wprowadzeniem do obrotu na terytorium UE oraz czuwanie nad bezpieczeństwem zdrowotnym wody, zapobieganie powstawaniu chorób, w tym zakaźnych i zawodowych oraz prowadzenie działalności zapobiegawczej i przeciwepidemicznej.