Zbudownay oko³o po³owy XIV w. pocz±tkowo jako kaplica pod wezwaniem ¶w. Magdaleny (w miejscu, gdzie wedle legendy ukaza³a siê Naj¶wiêtsza Panna).
W 1374 r. owa niepozorna kaplica na Starym Mie¶cie go¶ci³a u siebie przez kilka dni zw³oki ¶w. Brygidy, wiezione z Rzymu do Szwecji. Wydarzenie to zapocz±tkowa³o w Gdañsku kult ¶w. Brygidy, podtrzymywany przez osiad³y tu w 1386 r. zakon brygidek (najstarsza filia tego szwedzkiego zgromadzenia, obok florenckiej).
W latach 1396-1397 brygidki zbudowa³y pierwszy ko¶ció³ek ¶w. Brygidy, jednonawowy. Oko³o 1416 r. zosta³a dobudowana druga nawa sze¶cioprzês³owego dot±d obiektu o przyporach wci±gniêtych do ¶rodka. W 1514 r. dobudowano nawê po³udniow±, a nastêpnie chór i zakrystiê. W 1587 r. po¿ar strawi³ dachy, stropy i wyposa¿enie. W latach 1602-1604 ko¶ció³ zosta³ odbudowany. W latach 1615-1616 nadano renesansowy wystrój wie¿y, któr± w 1674 r. nakryto he³mem. Ostateczny kszta³t nadano ¶wi±tyni i klasztorowi w pierwszej po³owie XVIII w.
W 1817 r. w³adze pruskie skasowa³y zakon brygidek, a po wymarciu ostatnich zakonnic przejê³y w 1838 r. zabudowania klasztorne, które w latach 1849-1851 uleg³y rozbiórce. Sam ko¶ció³ ¶w. Brygidy sta³ siê od 1840 r. ¶wi±tyni± parafialn±. Odnowiono j± niebawem w duchu XIX-wiecznym, wprowadzaj±c m.in. licowanie now± ceg³±.
Podczas dzia³añ wojennych w 1945 r. ko¶ció³ zosta³ wypalony i w du¿ej mierze zburzony. Przez d³u¿szy czas nie by³ odbudowywany, a w 1957 r. sp³onê³y zachowane jeszcze fragmenty wiê¼by dachowej i jeden ze szczytów nawy po³udniowej. ¦wi±tynia pozostawa³a w ruinie do 1970 r., kiedy rozpoczêto jej odbudowê. Prace remontowe i wyposa¿eniowe trwa³y do 1987 r. W zakrystii umieszczono obraz H. Hana z 1612 r.: "Apoteoza ¶w. Brygidy".
